01
Panel № 01
PDF 原文阅读
Original PDF Viewer
高保真渲染 PDF 原文，保留版式、图表与公式。支持选词高亮、跨页滚动、缩放与页面跳转。所有原文内容皆可被选中和复制，作为后续提问与笔记的源头。
原生 PDF 渲染选词高亮 / 跨页定位图表 / 公式保真
ISSN 2026-MDR · An AI Reading Agent for Medical LiteratureHuazhong UST · Tongji Medical College№ 001 · First Edition
AI-Powered · Open SourceA scholarly reading companion
MedReader
Agent.
Est. MMXXVI
让 AI 帮你真正读懂一篇医学文献。
五面板协同 · 六维度结构化分析 · 深度问答
“Turning dense medical PDFs into a navigable, conversational, and critique-ready knowledge base.”
05
协同面板 · Panels
06
分析维度 · Dimensions
∞
可问问题 · Queries
↓ Scroll to read the prospectus · 向下滚动阅读项目说明书
Curated by Biorhythm · 行止集
§ I.
Editorial / 项目寄语
从"读完一篇文献"到"读透一篇文献"
A note from the builder
医学研究的速度从未放缓。PubMed 每天新增的文献数以千计，每一篇都试图改写某个细分领域的认知边界。然而对研究者而言，"读文献"这件事却依然停留在二十年前的范式里——下载 PDF、翻页浏览、做笔记、查词典、回头核对方法、再翻到讨论寻找局限性。一篇三十页的论文，常常需要一个下午才能勉强"读完"，却未必"读透"。
MedReader Agent 想要做的事很简单：让 AI 不只是"摘要"文献，而是真正与读者一起逐段精读、结构化拆解、随时质疑。我们设计了一个五面板协同工作区——左侧是 PDF 原文，中间是结构化解析与思维导图，右侧是 Agent 问答，下方是全文框架与段落导航。所有面板互相联动：在框架里点一个章节，原文自动滚到对应位置；在原文选中一段文字，Agent 立刻可以基于这段上下文回答问题。
更进一步，我们让 Agent 基于论文的六个核心维度——科学问题、论证思路、实验方法与结果、论证逻辑解析、创新性、局限性——主动生成结构化分析。这不是简单的"摘要"或"翻译"，而是接近同行评议深度的二次解读。研究者拿到的不再是一份文本，而是一份可对话、可质疑、可引用的知识工件。
“
文献阅读不应是一场单方面的劳作，而应是一次与作者、与 AI、与自己的三方对谈。
01
阅读，而非浏览· Read, not skim
段落级精读 + 结构化拆解，让每一句话都能被追问。
02
对话，而非摘录· Converse, not excerpt
Agent 基于原文上下文回答，所有论断可溯源到段落。
03
质疑，而非接受· Question, not accept
六维度分析内置「局限性」维度，鼓励批判性阅读。
Editorial · By the MedReader Agent project
First published online · July 2026
§ II.
Featured Columns / 核心功能
五面板协同的阅读工作区
不是五个独立的工具，而是一个连贯的阅读流：从原文到解析、从解析到导图、从导图到提问、从提问回到原文。 — Five panels, one conversation.
02
Panel № 02
智能解析
Structured Markdown
MinerU Cloud 将 PDF 转换为结构化 Markdown：标题、段落、公式、表格、图片分块呈现。每一块都可点击、可复制、可作为提问上下文。
MinerU Cloud API图文公式分块段落级定位
03
Panel № 03
思维导图
Mind Map
基于标题层级自动生成可交互思维导图，论文骨架一目了然。支持节点展开折叠、点击跳转原文、Dagre 自动布局。
自动层级识别Dagre 自动布局节点跳转原文
04
Panel № 04
Agent 提问
Conversational Agent
DeepSeek 大模型驱动的对话面板。支持选中文本提问、附图提问、整篇追问。所有回答可溯源到原文段落，避免幻觉。
DeepSeek 大模型选段 / 附图提问回答可溯源
05
Panel № 05
全文框架
Outline & Navigation
AI 基于正文上下文自动识别章节结构（区分正文与期刊样板），生成可折叠的全文框架。下方段落导航按颜色区分章节，点击即可在原文中跳转高亮。
AI 章节识别段落彩色导航双向联动定位
Bidirectional Sync · 双向联动
所有面板共享同一个上下文
全文框架→PDF 原文
点击章节标题，左侧 PDF 自动滚动到对应位置并高亮。
原文选段→Agent 提问
在 PDF 选中任意文字，右侧 Agent 即刻以该段为上下文回答。
思维导图节点→智能解析
导图节点点击后，中间解析面板跳转到对应章节。
VI
§ III.
Six Dimensions / 六维度分析
像同行评议一样拆解一篇论文
Agent 主动从六个核心维度对论文进行结构化分析——不是简单摘要，而是接近审稿深度的二次解读。每个维度都附带关键追问，便于读者带着问题回到原文。
Dimension № 01
科学问题
Research Question
01
这篇论文究竟想回答什么问题？问题从何而来？是否足够新颖、足够重要？
Key Question
“What is being asked, and why does it matter?”
Dimension № 02
论证思路
Argumentation Logic
02
作者用什么样的逻辑链来回答问题？从前提到结论有几步？哪些步骤是关键假设？
Key Question
“How does the author chain evidence to claim?”
Dimension № 03
实验方法与结果
Methods & Results
03
用了什么实验/计算方法？数据规模、对照设置、统计检验是否合理？关键结果有哪些？
Key Question
“What was done, and what was found?”
Dimension № 04
论证逻辑解析
Logic Decoding
04
结果是否真的支持结论？是否存在过度推断、混淆变量、循环论证？反例与替代解释是什么？
Key Question
“Do the results truly entail the claims?”
Dimension № 05
创新性
Novelty
05
相比已有工作，新在哪里——是问题新、方法新、还是证据新？创新程度是渐进式还是范式级？
Key Question
“What is genuinely new here?”
Dimension № 06
局限性
Limitations
06
样本、方法、推广性、可重复性方面的局限是什么？哪些下一步工作能弥补这些不足？
Key Question
“Where does this work stop short?”
Auto-Generated
六维度分析由 Agent 基于论文正文自动生成，分析结果嵌入"全文框架"面板， 每条分析都可点击跳转到原文对应段落，便于读者复核与质疑。
Source-Aware
分析过程基于 MinerU 解析后的结构化正文，而非原始 PDF 文本层。 标题层级、表格、公式、图表说明均被作为上下文传入，避免幻觉与断章取义。
§ IV.
Workflow / 工作流
从 PDF 到可对话知识，只需四步
上传后约 30–90 秒内完成解析与结构化分析。之后所有阅读、提问、导航均在本地浏览器内进行， 响应即时。
I
上传 PDF
Step I · Upload
用户上传医学文献 PDF。系统自动建立独立工作目录，按论文 ID 隔离图片与解析产物。
- 文件大小 ≤ 50MB
- 支持中英文
- 自动去重 hash
II
MinerU 解析
Step II · Parse
调用 MinerU Cloud API 将 PDF 转换为结构化 Markdown：识别标题层级、公式、表格、图片、参考文献。
- MinerU Cloud API
- Markdown + blocks JSON
- 图片单独存盘
III
AI 结构化分析
Step III · Analyze
DeepSeek 基于正文 8000 字符上下文识别章节结构，生成全文框架；并按六维度主动产出分析。
- DeepSeek-V3
- 8000 字符上下文
- 六维度同步生成
IV
对话与精读
Step IV · Converse
用户在五面板工作区中阅读：选段提问、跳转章节、查看导图、回看原文。所有交互双向联动。
- 选段 → Agent
- 框架 → 原文
- 导图 → 解析
30s
平均解析时长
Avg. parsing
150
标题识别上限
Headings cap
8K
上下文字符
Context chars
6
维度同时产出
Dimensions
§ V.
Technical Architecture / 技术架构
一个为长期阅读而设计的技术栈
全栈 TypeScript + 现代 React。解析能力依托 MinerU Cloud，推理能力依托 DeepSeek， 所有数据沉淀在本地 SQLite，便于长期累积个人文献库。
前端框架
Frontend- Next.js 16App Router + RSC
- TypeScript 5严格类型
- Tailwind CSS 4样式系统
- shadcn/ui组件库 (New York)
数据与状态
Data & State- Prisma ORMSQLite 客户端
- Zustand客户端状态
- TanStack Query服务端状态
- NextAuth.js v4用户认证
AI / 解析能力
AI Capabilities- MinerU CloudPDF → Markdown
- DeepSeek-V3结构化分析 + 对话
- Dagre思维导图布局
- react-resizable-panels五面板协同
System Diagram
数据流示意
PDF 上传
Browser
→
MinerU 解析
Cloud API
→
结构化存储
SQLite + FS
→
DeepSeek 分析
LLM API
→
五面板工作区
React RSC
“From a flat PDF to a conversational knowledge artifact — in one pass.”
Deployable via Docker Compose · runs on a single Aliyun ECS instance
解耦式架构
DecoupledLanding 公开门面页与 App 工作区物理分离 —— 前者不需要登录、面向 GitHub 引流与社交分享，后者受 Next.js middleware 全量保护。两个 区域可以独立部署、独立扩容、独立迭代。
v2.0 · / + /app · independent routing
Docker 多阶段构建
Multi-stage三阶段（deps → builder → runner）构建，runner 仅含 standalone 产物 + Prisma 客户端 + tini PID 1。镜像体积从全量 node_modules 的 1.2 GB 压缩到约 180 MB，冷启动 < 5 秒。
node:20-alpine · tini · standalone server.js
Prisma v6 锁版
Pinned显式锁 @prisma/client@6.11.1。 v7 引入 breaking change —— schema 中 url 字段 不再支持，会直接破坏现有 SQLite 数据源配置。锁版是务实的工程妥协。
6.11.1 · until v7 schema migration is ready
§ VI.
Deployment / 部署方案
一台云主机，跑得起一个 AI 文献阅读 Agent
全栈容器化部署到阿里云 ECS。Docker Compose 一键拉起，Prisma db push 自动迁移，standalone server.js 直出端口 3000。 没有 Kubernetes，没有 Service Mesh，没有过度工程。
阿里云 ECS 部署概览
Powered by Aliyun · Open Source云服务商 · Provider
阿里云 ECS
Aliyun Elastic Compute Service
部署形态 · Topology
单机容器化
Docker Compose 一键拉起
反向代理 · Reverse Proxy
Caddy 2.x
自动 HTTPS · Let's Encrypt
进程编排 · Orchestration
tini + Next.js standalone
PID 1 信号转发
数据持久化 · Persistence
Volume 挂载
SQLite + 上传文件
健康检查 · Health Check
GET / · 30s 间隔
3 次失败自动重启
“A single VPS, a single container, a single command: bash deploy.sh.”
Docker Compose · tini PID 1 · healthcheck on /
URL 策略三阶段
IP → Domain → Subdomain| 版本 | 时间 | 访问形式 | 说明 |
|---|---|---|---|
| v2.0 | 当前 · 已交付 | http://<your-ecs-ip>:3000 | IP + 端口直连 Docker 容器，无域名无 HTTPS。适合内部测试与冒烟验收。 |
| v2.1 | 近期 · 1-2 周 | https://medreader.example.com | 域名 + Caddy 反向代理 + Let's Encrypt 自动签发 HTTPS 证书。Caddy 监听 80/443，反代到 127.0.0.1:3000。 |
| v2.2 | 中期 · 1-2 月 | https://app.medreader.example.com · https://medreader.example.com | 子域名分别绑定 —— 根域展示 landing 宣传页，app 子域承载工作区。物理隔离两套部署，可独立扩容。 |
Caddyfile 三行配置反代 + 自动 HTTPS · 详见仓库 README
View deploy.sh on GitHub ↗§ VII.
Roadmap / 项目路线图
从一个 AI 阅读器，长成一个科研助手
v1.0 与 v2.0 已交付，是一个可单机可生产部署的 AI 文献阅读 Agent。 接下来三个版本将依次解决域名独立、协作、知识图谱与综述生成， 最终让 MedReader 成为研究者的长期科研伙伴。
v1.0
2026.07 · 已交付
MVP · 单机可用的 AI 文献阅读 Agent
五面板协同工作区
PDF 原文 / 智能解析 / 思维导图 / Agent 提问 / 全文框架
六维度结构化分析
科学问题 · 论证思路 · 实验方法 · 论证逻辑 · 创新性 · 局限性
MinerU + DeepSeek 接入
PDF → Markdown → 结构化 JSON → 对话上下文
NextAuth + SQLite + Prisma
邮箱密码登录 / 个人文献库 / 用量配额
v2.0
2026.07 · 已交付
解耦式架构 · 生产部署就绪
Landing / App 解耦
公开门面页与受保护工作区物理分离，独立部署
Docker 三阶段构建
deps → builder → runner，镜像 180 MB，冷启动 <5s
阿里云 ECS 一键部署
deploy.sh + docker-compose.yml + .env.production 模板
生产环境加固
登录墙 / 50MB 上传 / Prisma 日志静默 / standalone CMD 修正
v2.1
近期 · 1-2 周
独立域名 + 模型路由
域名 + Caddy + HTTPS
Let's Encrypt 自动签发，Caddy 反代 127.0.0.1:3000
Landing 独立子域名
medreader.x → 宣传页，app.medreader.x → 工作区
多模型路由
DeepSeek / Claude / GPT 可切换，按任务类型自动选择
分享链接增强
og:image 预览 + 微信卡片 + 二维码生成
v2.2
中期 · 1-2 月
协作 + K8s + 移动端
协作标注
团队共享文献库 + 多人高亮 + 评论线程
Kubernetes 部署
Helm Chart + HPA 自动扩容 + 多副本读
PWA 移动端适配
iPad / 平板阅读优化 + 离线缓存 + 触控手势
Webhook 集成
新增论文自动推送 Slack / 飞书 / 企业微信
v3.0+
长期 · 季度规划
从阅读器到科研助手
个人知识图谱
跨论文实体抽取 + Neo4j 可视化 + 关系推理
科研助手 Agent
主动推荐相关文献 / 提示研究空白 / 生成 follow-up
文献综述生成
多论文对比矩阵 + 综述章节草稿 + 引用网络
本地 RAG 增强
个人文献库向量化 + 本地推理 + 隐私保护
“Roadmaps are hypotheses, not promises.” — adjusted every sprint.
Track milestones on GitHub ↗§ VI.
Use Cases / 应用场景
为研究者全流程而设计
从入门一个新课题，到撰写自己的论文；从准备一次组会，到审一篇同行评议—— MedReader Agent 都能成为你的第二位阅读伙伴。
01
文献调研
Literature Review
进入新课题时，快速建立领域地图。用思维导图扫读十篇综述，用 Agent 提问锁定核心争论，用全文框架对比方法论差异。
02
论文写作
Paper Writing
在 Introduction 与 Discussion 之间反复横跳时，用六维度分析提醒自己「局限性」是否被诚实陈述；用 Agent 帮你重写一段更紧凑的论述。
03
教学辅助
Teaching Aid
准备组会汇报或课程讲义时，把核心论文上传到 MedReader，导出思维导图作为讲义骨架，用 Agent 提前演练可能被学生问到的问题。
04
组会汇报
Journal Club
每周组会精读一篇文献，把 PDF 上传后让 Agent 提前帮你生成「科学问题—方法—结果—局限」四段式摘要，汇报时按框架展开。
05
综述撰写
Review Synthesis
撰写综述时累积数十篇文献的结构化分析，按主题聚类对比「科学问题」与「创新性」维度，找出研究空白与潜在切入点。
06
同行评议
Peer Review
审稿时用六维度框架逐项核对——尤其是「论证逻辑解析」与「局限性」——确保自己没有遗漏作者回避的关键问题。
Fin.
§ VIII. Coda · 结语
把今天的那篇文献，
交给一位 AI 阅读伙伴。
MedReader Agent 已开放源代码，可在你的服务器上一键部署。
Open source · Self-hostable · Built for medical researchers.